Atvasināta publiska persona „Valsts Stendes graudaugu selekcijas institūts” ir ar LR Ministru kabineta lēmumu Zinātniskās darbības likuma noteiktajā kārtībā izveidota un Zemkopības ministrijas pārraudzībā esoša institūcija ar autonomu kompetenci. Tā darbojas saskaņā ar savu nolikumu.
Institūtu pārvalda zinātnieku koleģiāla institūcija – zinātniskā padome un tās ievēlēts direktors.
Galvenais lēmējorgāns – Zinātniskā padome. Lēmumu pieņemšanā zinātniskā padome konsultējas ar konsultatīvo darba grupu, kas ievēlēta no zinātnisko darbinieku vidus un kuras ieteikumiem ir rekomendējošs raksturs.
2012. gada 1. augustā institūta zinātnieku kopsapulcē ir ievēlēta Zinātniskā padome šādā sastāvā: Dr.agr. Sanita Zute – Zinātniskās padomes priekšsēdētāja, vadošā pētniece Dr.chem. Gunārs Bremanis – vadošais pētnieks Dr. agr. Māra Bleidere – vadošā pētniece
No 2012. līdz 2015. gadam institūtā darbojas Konsultatīvā darba grupa šādā sastāvā: Mg.agr. Vija Strazdiņa – pētniece, Konsultatīvās darba grupas vadītāja Mg.agr. Solveiga Maļecka – pētniece, zinātniskā sekretāre Mg.agr. Lidija Vojevoda – pētniece Mg.agr. Inga Jansone – pētniece Mg. biol. Linda Brunava – pētniece Ilze Muceniece – projektu koordinatore
Zinātniskā padome 2012. gada 1. martā par institūta direktori ievēlēja Mg.lauks. Ingu Jansoni.